Si has actualizado el editor JCE y ves que no te funciona, prueba a cambiar el tema del editor en:
Extensiones–> JCE editor–>Profiles–> Default–>Plugin parameters–> Source code editor–>Theme–> selecciona por ejemplo blackboard
En mi caso, he realizado la actualización de joomla 1.5 a joomla 2.5.6 con el componente JUpgrade, y tras instalar el editor con su correspondiente versión de JCE, me di cuenta que no no salía ningún editor, ni iconos ni posibilidad de pasar de código HTML a vista normal [Toggle Editor]. También me he dado cuenta que no funcionaba el editor TinyMCE.
Tras cambiar el tema del editor, he podido trabajar sin problemas.